Ҳазрати Хизр масжиди Самарқанд шаҳрининг муқаддас зиёратгоҳларидан биридир. У Самарқанддаги биринчи мусулмон масжиди ва меъморий обидаси сифатида эътироф этилади.

Масжид Қутайба ибн Муслим томонидан қурилиб, Ҳазрати Хизр номи билан аталган. Маълумотларга кўра, дастлаб саждагоҳи мавжуд бўлган. VIII асрда араблар томонидан оташпарастларнинг ибодатхоналари бузиб ташланади. Шу тепаликдаги ибодатхона ўрнига Қутайба ибн Муслим томонидан биринчи масжид биноси қурилади ва Ҳазрати Хизр номи билан аталади.

Ҳожа Дониёр, Қусам ибн Аббос ва Ҳазрати Хизр зиёратгоҳлари аслида битта мажмуа бўлган. Масжидга кираверишдаги мармар тошда кўрсатилган “ 1854 йил ” ёзуви унинг Бухоро амири Амир Музаффархон томонидан тикланганлигига ишорадир.

1899 йилда масжиднинг айвон ва дарвозахона қисми қайта қурилган. Дарвоза юзасига ёзилган ҳижрий 1336 йил (мелодий 1916-1917 йиллар) ёзуви дарвозахона ва миноранинг қайта тикланган вақтини англатади. Фикримизни хонақоҳ меҳробидаги 1274 йил ҳижрий (1854 мелодий йил), 1302 ҳижрий йил (1884 мелодий йил) деган ёзувлар исботлайди.

Мустақиллик йилларида ҳазрати Хизр масжиди мамлакат раҳбарияти қўллаб-қувватлаши билан бир неча бор мукаммал таъмирланди, масжид ёнида жойлашган Арзис қудуғи қайта тозаланиб, қадимий ҳолига қайтарилди.