Мечеть Хазрет-Хызр в начале XX века первое упоминание мечети относится к периоду арабского завоевания Согда (начало VIII века) Согласно легенде, после взятия Самарканда войсками Кутыйбы в 712 году арабы пытались затопить городскую крепость (калу), перекрыв плотиной канал Арзис. Однако с неба спустилась огромная белая птица, которая разрушила плотину. В ознаменование этого события один из сподвижников Кутейбы Мухаммад ибн Васы построил на месте почитаемого согдийцами зороастрийского храма на южной оконечности Афрасиаба у Железных ворот мечеть Хазрет-Хызра. Мечеть была полностью разрушена в 1220 году во время монгольского завоевания.

Существующая ныне мечеть была построена на древнем фундаменте в 1854 году. В 1884 году в здании были проведены отделочные работы и перестройки. В 1899 году был переделан айван мечети и пристроена дарвазахана. Завершились работы в 1919 году, когда известным самаркандским мастером Абдукадыром бини Баки (Абдукадыром Бакиевым) были возведены входной портал и восточный минарет, а дарвазахана была перекрыта ребристым куполом.

Мечеть Хазрет-Хызр является ярким представителем народной архитектуры самаркандской школы. Она представляет собой прямоугольное в плане сооружение размером 30х16 метров. Композиция мечети асимметрична. Основными её элементами являются зимняя ханака, перекрытая куполом, и колонный айван. Ханака квадратная в плане. В центральной части её западной стороны расположен михраб с худжрами по обеим сторонам. Сбоку к мечети пристроены квадратный в плане вестибюль с ребристым куполом на многогранном барабане (дарвазахана) и портал, фланкированный башенками-гульдаста, с резной деревянной дверью XIX века. Отдельно от здания расположен изящный восточный минарет. С западной стороны в фасад мечети вписана башня-гульдаста, уравновешивающая минарет. В декоре мечети представлены потолочные росписи, кырма на панелях, резной ганч в орнаментах и медальонах, ганчевые отливки в обрамлениях и сталактитовом карнизе.