Hazrati Xizr masjidi Samarqand shahrining muqaddas ziyoratgohlaridan biridir. U Samarqanddagi birinchi musulmon masjidi va me’moriy obidasi sifatida e’tirof etiladi.

Masjid Qutayba ibn Muslim tomonidan qurilib, Hazrati Xizr nomi bilan atalgan. Ma’lumotlarga ko’ra, dastlab sajdagohi mavjud bo’lgan. VIII asrda arablar tomonidan otashparastlarning ibodatxonalari buzib tashlanadi. Shu tepalikdagi ibodatxona o’rniga Qutayba ibn Muslim tomonidan birinchi masjid binosi quriladi va Hazrati Xizr nomi bilan ataladi.

Hoja Doniyor, Qusam ibn Abbos va Hazrati Xizr ziyoratgohlari aslida bitta majmua bo’lgan. Masjidga kiraverishdagi marmar toshda ko’rsatilgan “ 1854 yil ” yozuvi uning Buxoro amiri Amir Muzaffarxon tomonidan tiklanganligiga ishoradir.

1899 yilda masjidning ayvon va darvozaxona qismi qayta qurilgan. Darvoza yuzasiga yozilgan hijriy 1336 yil (melodiy 1916-1917 yillar) yozuvi darvozaxona va minoraning qayta tiklangan vaqtini anglatadi. Fikrimizni xonaqoh mehrobidagi 1274 yil hijriy (1854 melodiy yil), 1302 hijriy yil (1884 melodiy yil) degan yozuvlar isbotlaydi.

Mustaqillik yillarida hazrati Xizr masjidi mamlakat rahbariyati qo’llab-quvvatlashi bilan bir necha bor mukammal ta’mirlandi, masjid yonida joylashgan Arzis qudug’i qayta tozalanib, qadimiy holiga qaytarildi.