Худоёрхон саройи — 1863-1873 йилларда барпо этилган бўлиб, Худоёрхон Қўқон хони ўзига сарой-қўрғон қурдиради, у ўрда деб номланиб, Бухоро равоғига қарама-қарши қад ростлаган.Сўнгги Қўқон хони Худоёрхон томонидан қурилган мазкур тарихий ёдгорлик дастлаб 3 та қисм ва 114 хонадан иборат бўлган. Ҳозирги кунда фақатгина сўнгги қисми ва 19 та хона сақланиб қолган.

Худоёрхон даврида қишлоқ хўжалигига эътибор берилган, янги анҳор ва ариқлар қазилган. Қўқонда 1873 йилда хон ўрдаси битказилиб ниҳоясига етказилган. Бундан ташқари, Худоёрхон даврида “Мадрасаи Олий”, “Мадрасаи Ҳоким ойим”, “Мадрасаи Султон Муродбек”лар қурилган. Худоёрхоннинг фармони билан маҳзун (Зиёвуддин Ҳўқандий) 1696 саҳифалик “Шоҳнома” асарини ёзган (қўлёзма Истамбулда сақланмоқда).
Худоёрхон даврида хонлик ҳудуди анча қисқариб, турли солиқлар ўйлаб чиқилган. Бунинг устига 1868 йилги Туркистон генерал-губернатори К.П.Кауфман билан тузилган “тенг ҳуқуқли” шартномага мувофиқ, рус савдогарларига хонликнинг ҳамма шаҳар ва қишлоқларида бўлиш ва карвонсаройлар қуриш, рус товарларини хонлик ҳудуи орқали бошқа давлатларга бож тўламасдан бемалол олиб ўтиш ҳуқуқи берилган. Аммо, юзага келган сиёсий вазият туфайли у К.П. Кауфман билан кўпроқ яқинлашишга мажбур бўлган.