Атолл состоит из четырех окруженных коралловым рифом больших коралловых островов, которые образуют мелководную лагуну. Из-за своей труднодоступности и изолированного положения атолл был предохранен от антропогенных воздействий, и здесь сохранилось порядка 152 тыс. гигантских черепах – самая большая в мире популяция этой рептилии.

В 1982 году атолл Альдабра был включён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, как уникальный памятник природы. Альдабра один из немногих, оставшихся на Земном шаре коралловых атоллов, который практически не затронут цивилизацией. Въезд в этот уникальный природный заповедник жёстко контролируется. Долгое время хозяевами Сейшельских островов были пираты.