Зоологический музей Зоологического института РАН — старейший зоологический музей на территории России.
Музей как самостоятельная единица был образован в 1832 году путём отделения от экспозиции Кунсткамеры. В настоящее время является структурой в составе Зоологического института.
Общее число выставленных экспонатов превышает 30 000, а общая площадь экспозиции составляет 6 000 кв. м. На сегодня музейная экспозиция занимает большую часть второго этажа обширного здания Зоологического института, а также хоры в первом зале.
Первый зал — представлены насекомые (более 10000 экспонатов), ластоногие, китообразные, включая один из крупнейших в мире музейных экземпляров синего кита (длиной в 27 метров), а также первые экспонаты из Кунсткамеры, купленные ещё императором Петром I в 1716 году.
Второй зал — витрины с представителями классов позвоночных животных: рыбы, земноводные, рептилии и птицы; также представлено около 3000 видов беспозвоночных (промысловые губки, кораллы, ракообразные, моллюски. Показаны организмы-обрастатели, а также опасные для человека и животных паразитические организмы).
Извлечённый из многолетней мерзлоты мамонтёнок Дима
Третий зал — полностью посвящён экспозиции млекопитающих, причём, систематические коллекции занимают левую часть, а по центру его и в правой части расположены 89 биологических групп, от крупных ландшафтных, таких как «Уссурийская тайга», до небольших настенных. Здесь есть уникальные экспонаты уже вымерших животных: тасманийский волк (чучело и скелет) и Стеллерова корова (хорошо сохранившийся скелет). Особую ценность представляет коллекция мамонтов: «Берёзовский мамонт», детеныши мамонта (самец «Дима» и самочка «Маша»), «Мамонт Адамса» (самый старый и до сих пор самый крупный скелет мамонта). В начале зала расположена диорама «Лежбище морских котиков», а в конце зал завершается тремя диорамами «Группа львов на отдыхе», «Жирафы в саванне» и «Высокогорье Тянь-Шаня».
Для переезда, начатого в 1896 году (а само здание на Стрелке Васильевского острова было предоставлено в 1893), и подготовки и реконструкции нового места для музея потребовалось более 5 лет. И только 6/19 февраля 1901 года, в присутствии российского императора Николая II, многочисленных членов царствующей фамилии и правительственных чиновников Музей был вновь открыт для посетителей. В мае 1922 года, анализируя состояние учреждений академии, её вице-президент академик Владимир Стеклов сказал в числе прочего: «В Зоологическом музее (второй за Британским музеем, а по не обработанному ещё материалу его превосходящий) коллекции портятся, работа учёная и по разработке материала становится невозможной…».
В Великую Отечественную войну 1941—1945 годов учёный коллектив зоологического института РАН понёс тяжёлые потери, о чём свидетельствует мемориальная доска при входе в музей. Среди погибших в годы блокады: А. И. Аргиропуло, Н. Н. Афанасьева, М. А. Баженов, А. М. Герасимов, Д. А. Оглоблин, А. Н. Рейхардт, А. П. Семенов Тян-Шанский, А. С. Скориков, С. С. Смирнов и другие.
Крупные изменения в систематической экспозиции имели место в 1947—1954 года, когда Музей возглавлял профессор В. Б. Дубинин. Идентичность всех выставленных экспонатов была проверена и подготовлены тексты новых этикеток в период 1954—1964, когда Музей возглавлял профессор А. И. Иванов. Далее, Музей возглавляли доктора биологических наук Д. В. Наумов (в 1964—1984 годах), Р. Л. Потапов (1984—2006), А. Н. Тихонов (2007-).
